AFIRサンプル

ONIOM on MC-AFIR

ONIOM on MC-AFIR
Taiki Kato Nov. 27, 2018, 10:40 a.m. #71

Dear Prof. Maeda & laboratory people,
 
I'm trying ONIOM method on MC-AFIR.
But, I don't understand the exact format of the ONIOM layer & MC-AFIR part.
This is my input file with error calculation log.

---------------------------------------------------------------------------------------

# MC-AFIR/ONIOM(uwb97xd/6-31G : upm6) integral(coarsegrid)
 
0 1
H  -5.09198232  1.46148646  0.64415956 H   1
H  -5.05103711  1.51846702 -1.80580446 H   1
H  -5.08619301  3.61195144 -0.53172902 H   1
H  -3.07552771  2.21038282 -0.53072587 H   1
Si -4.57617575  2.20057460 -0.55601978 H   1
Si  0.92262713 -0.42951851 -0.06586408 H   2
H   0.32586471  0.89377867  0.44846657 H   2
H   0.92141623 -0.42839950 -1.60585939 H   2
Si -0.36596427 -2.22060001  0.71381911 H   2
Si  0.54148635 -4.23086015 -0.06762047 H   2

...

Si  7.89452207  2.71361008 -0.06626650 L H 16 2
Si  6.60446476  0.92311796  3.05275285 L H 16 2
Si  3.11867252 -0.64788568  3.05254379 L H 12 2
Si -2.56235026 -2.00324774 -0.06393534 L H  9 2
Si  1.83058292 -2.43960890  3.83181251 L H 19 2
Si  1.45021923 -6.24149307  3.83086153 L H 19 2
Si -0.74565359 -6.02268238  0.71234080 L H 10 2
Si  2.35719613 -8.25146150  3.04887994 L H 23 2
Si  4.55185684 -8.47158271  3.82932265 L H 33 2
External Atoms
Si  7.50985596 -1.08833081  6.95223274 L   2
Si  7.12790465 -4.89067932  6.95082004 L   2
Si  8.03487102 -6.90152356  6.17032595 L   2
Si  8.41640895 -3.09947186  6.17176893 L   2

...

H   6.74535629 -8.69308650  8.48930406 L   2
H   7.50965005 -1.08890581  8.49222140 L   2
H   4.02610987 -2.65912846  8.49169783 L   2
H   3.64455597 -6.46260745  8.48999760 L   2
H   0.54408428 -4.23167248  8.49284240 L   2
Options
MicroIt = (MMOnly)
GauProc = 4
NSample = 20
MinFC = -1
MC = ReactivePathOnly
Add Interaction
Fragm.1 = 1-5
Fragm.2 = 6-43
Fragm.3 = 66-145
1 2
1 3 -
GAMMA = 600
END

-------------------------------------------------------------------------------------

I think that the number order of ONIOM layer or MC-AFIR part is not good.
Please teach me the exact number order of ONIOM layer & MC-AFIR part.
 
Best regards

  • Re: ONIOM on MC-AFIR
    Satoshi Maeda

    To combine ONIOM and MC-AFIR, please use the following format.

      atom  x  y  z  part-number  layer  [link-atom info]

    where

      atom :  atom type
      x :  X-coordinate
      y :  Y-coordinate
      z :  Z-coordinate
      part-number :  part number for MC-AFIR (see Part designation for random structure generation)
      layer :  layer assignment (H/M/L) for ONIOM
      [link-atom info] :  (as needed) link-atom parameters for ONIOM

    In your case, for example:

    H  -5.09198232  1.46148646  0.64415956  1  H
    H  -5.05103711  1.51846702 -1.80580446  1  H
    H  -5.08619301  3.61195144 -0.53172902  1  H
    H  -3.07552771  2.21038282 -0.53072587  1  H
    Si -4.57617575  2.20057460 -0.55601978  1  H
    Si  0.92262713 -0.42951851 -0.06586408  2  H
    H   0.32586471  0.89377867  0.44846657  2  H
    H   0.92141623 -0.42839950 -1.60585939  2  H
    Si -0.36596427 -2.22060001  0.71381911  2  H
    Si  0.54148635 -4.23086015 -0.06762047  2  H
    ...
    Si  7.89452207  2.71361008 -0.06626650  2  L H 16
    Si  6.60446476  0.92311796  3.05275285  2  L H 16
    Si  3.11867252 -0.64788568  3.05254379  2  L H 12
    Si -2.56235026 -2.00324774 -0.06393534  2  L H  9
    Si  1.83058292 -2.43960890  3.83181251  2  L H 19
    Si  1.45021923 -6.24149307  3.83086153  2  L H 19
    Si -0.74565359 -6.02268238  0.71234080  2  L H 10
    Si  2.35719613 -8.25146150  3.04887994  2  L H 23
    Si  4.55185684 -8.47158271  3.82932265  2  L H 33
    ...